Biologie synthétique: de l'or pour l'équipe iGEM de l'EPFL

L'International Genetically Engineered Machine (iGEM) est une compétition annuelle à laquelle participent quelque 350 équipes d'étudiants en provenance de hautes écoles et d'universités du monde entier, qui se mesurent avec les projets de biologie synthétique qu'ils ont développés et sur lesquels ils ont travaillé dans leurs institutions respectives. Le concours iGEM 2016 est présenté dans le récent documentaire Genesis 2.0.

Cette année, l'équipe iGEM de l'EPFL était composée de douze étudiants bachelor et master, dont la majorité en sciences de la vie. Il y avait en plus deux étudiants de la Faculté des sciences de base (physique et chimie), et un provenant du Collège de management de la technologie. Le projet de l'équipe, nommé CAPOEIRA, est un système de vaccination personnalisé, qui vise à diriger le système immunitaire d'un patient cancéreux contre sa tumeur. Cette approche, appelée immunothérapie, est actuellement l'un des principaux domaines de recherche à la Faculté des sciences de la vie de l'EPFL.

Crédit: Barry Ciocco

«C'est tout simplement incroyable de voir des milliers et des milliers d'étudiants du monde entier, qui partagent la même passion que nous pour la biologie synthétique et pour leurs projets», se réjouit Daniel Nakhaee-Zadeh Guttierez, chargé de la logistique de l'équipe. «Nous avons rencontré trois défis principaux pendant le projet, précise le président, Reza Hosseini. D’abord, comment construire un projet extraordinaire à partir de zéro, et comment faire entrer les différents éléments dans un ensemble cohérent. Deuxièmement, savoir quand persister à tenter de résoudre un problème, et à quel moment s'arrêter. Enfin, comment communiquer de manière efficace, particulièrement à la fin du projet, lorsque tout se met en place.»

«Le soutien de l'EPFL et de nos superviseurs a été incalculable, ajoute Daniel Nakhaee-Zadeh Guttierez. Je crois que le fait d'impliquer des étudiants issus d'autres disciplines améliore considérablement les résultats du travail de l'équipe. Du laboratoire à la bio-informatique, et même aux compétences de management, iGEM est un excellent moyen d'en apprendre beaucoup sur la biologie synthétique et la bio-ingénierie en général, dans un laps de temps très condensé.»

«iGEM exige très vite énormément de travail de laboratoire, impliquant de nombreux concepts nouveaux pour les étudiants», dit le secrétaire de l'équipe, Samuel Santosh Gomez. «Mais la compétence la plus précieuse que j'ai apprise, c'était de travailler au sein une équipe en train de construire un projet qui ressemble à un projet de recherche. Je recommanderais fortement de participer à iGEM à tout étudiant déterminé à découvrir comment la biologie synthétique peux être mise en œuvre pour résoudre les problèmes d'aujourd'hui».

La compétition annuelle est organisée par la Fondation IGEM, une institution indépendante et sans but lucratif «dédiée à la formation, la compétition, l'avancement de la biologie synthétique, le développement d'une communauté ouverte, et la collaboration». La préparation de la compétition occupe les équipes une bonne partie de l'année, et culmine lors du Giant Jamboree de l'IGEM à Boston, où les projets sont présentés et évalués par des spécialistes en bio-ingénierie. Il a eu lieu cetter année du 24 au 28 octobre.

L'EPFL participe depuis 2008 à la compétition de l'iGEM. La Faculté des Sciences de la Vie a financé l'équipe iGEM 2018, avec un généreux soutien additionnel du Swiss Industry Science Fund et de Nikon Instruments. Les étudiants ont travaillé sur leur projet aux Discovery Learning Laboratories de l'EPFL.

Cette année, l'équipe a été supervisée par le Prof. Sebastian Maerkl de la Faculté STI et l'Interfaculty Institute of Bioengineering, avec trois doctorants fonctionnant comme instructeurs additionnels.